Emmanuel Paradis
（2012年刊行，Springer Science+Business Media［Series: Use R!］, New York, xiv+386 pp., ISBN:9781461417422 [pbk] → 版元ページ）
2006年に出た初版：Emmanuel Paradis『Analysis of Phylogenetics and Evolution with R』（2006年9月刊行，Springer Science+Business Media［Series: Use R!］, New York, xii+211 pp., ISBN:9780387329147 [pbk] → 版元ページ）のほぼ二倍の厚さに成長した．目次（→ pdf）を見ると，系統樹を用いた進化解析（系統比較法・多様化解析など）と系統樹シミュレーション（系統分岐と形質進化）の章が大幅に拡大している．
