『Systematics: A Course of Lectures』

Ward C. Wheeler

(2012年6月刊行,Wiley-Blackwell, Hoboken, xx+426 pp.+12 color plates, ISBN:9780470671702 [hbk] / ISBN:9780470671696 [pbk] → 版元ページ

なんだこりゃ,Hennig Society Meeting で知ってる顔ばっかり載ってるじゃないか…….総論は早々とスキップされて,動的最適化に基づく系統推定アルゴリズムの各論の詳述,さらに最尤法とベイズ法まで踏み込んだ解説がされている.今から6年前に出たPOY解説書:Ward Wheeler, L. Aagesen, C. P. Arango, J. Faivovich, T. Grant, C. D'Haese, D. Janies, W. L. Smith, A. Varon and G. Giribet『Dynamic Homology and Phylogenetic Systematics : A Unified Approach Using POY』(2006年12月1日刊行,American Museum of Natural History, New York, ISBN:0913424587ダウンロード[a pdf file, 373 pp., 2,516 KB])と比べればはるかに「読み物」らしくなっているが,想定される読者層の期待死亡率はとても高そうだ.少なくとも題名にうっかり釣られて買うと暗黒教団に即入信.でも,この本,いたいけな系統学者にはぜったいに読み通せないと思う.「青少年」がうっかり読んではいけない専門書ってあるんだな.研究者人生の酸いも甘いも噛み分けた「中高年」こそ手に取って涅槃に参りましょう(ちがうか).まだ若い Kurt Pickett が昨年亡くなっていたことを知ってショック.2007年の Hennig Society ニューオーリンズ大会では banquet talk を演じてくれたのに.

【目次】
Preface xv
Using these notes xv
Acknowledgments xvi
List of algorithms xix


I Fundamentals 1

1 History 2
2 Fundamental Concepts 20
3 Species Concepts, Definitions, and Issues 53
4 Hypothesis Testing and the Philosophy of Science 67
5 Computational Concepts 77
6 Statistical and Mathematical Basics 89


II Homology 109

7 Homology 110
8 Sequence Alignment 121


III Optimality Criteria 147

9 Optimality Criteria - Distance 148
10 Optimality Criteria - Parsimony 173
11 Optimality Criteria - Likelihood 213
12 Optimality Criteria - Posterior Probability 240
13 Comparison of Optimality Criteria 269


IV Trees 289

14 Tree Searching 290
15 Support 324
16 Consensus, Congruence, and Supertrees 341


V Applications 363

17 Clocks and Rates 364


A Mathematical Notation 374
Bibliography 376
Index 415


Color plate section between pp. 76 and 77