〈分類学と系統学を学ぶためのブックガイド（Version 23-April-2017）〉

情

　→ http://leeswijzer.org/cladist/PhylogenyBooks23April17.html

    凡例
  • 原則として2000年以降に出版された体系学関連書から，各カテゴリーごとに主要であると私が判断したものをリストアップし，それぞれ簡単な内容紹介文と難易度を付した．
  • カテゴリー内の配列はアルファベット順である．
  • 内容の難易度については「★（散歩）」から「★★★（軽登山）」を経て「★★★★★（絶壁）」にいたる五段階ランキングを付けた．もちろん，ワタクシの極私的評価なのでご参考まで．
  • 下記リストに挙げた本のほとんどすべては，私の本録において書評または内容紹介と目次を公開しているので参考にされたい．

  1. 生物体系学の総合的教科書

    • David A. Baum and Stacey D. Smith『Tree Thinking: An Introduction to Phylogenetic Biology』（2013年刊行，Roberts and Company, Greenwood Village, xx+476 pp., ISBN:9781936221165 [hbk] → 目次｜版元ページ）★「生物体系学の基本を多くの実例とともに説明する」
    • 藤田敏彦『動物の系統分類と進化』（2010年4月25日刊行，裳華房［新・生命科学シリーズ］，東京，206 pp.，本体価格2,500円，ISBN:9784785358426 → 版元ページ）★「動物体系学の教科書．前半は方法論を含む総論，後半は分類群ごとの各論」
    • 伊藤元己『植物分類学』（2013年3月25日刊行，東京大学出版会，東京，vi+145 pp., 本体価格2,800円，ISBN:9784130622219 → 版元ページ）★「植物体系学のコンパクトな本．生物多様性情報学も含まれる」
    • Randall T. Schuh and Andrew V. Z. Brower『Biological Systematics: Principles and Applications, Second Edition』（2009年刊行，Cornell University Press［A Comstock Book ］, Ithaca, xiv+311 pp.，US$59.95，ISBN:9780801447990 [hbk] → 目次｜版元ページ）★★「体系学の理論の骨格を一通り学べる」
    • Johann-Wolfgang Wägele『Foundations of Phylogenetic Systematics』（2005年刊行，Verlag Dr. Friedlich Pfeil, München, 365 pp., ISBN:3899370562 → 目次）★★「ドイツ流の正統派系統体系学かと思いきや意外に著者の個性が見える」
    • Edward O. Wiley and Bruce S. Lieberman『Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics, Second Edition』（2011年6月刊行，Wiley-Blackwell, Hoboken, xvi+406 pp., ISBN:9780470905968 [hbk] → 版元ページ｜目次）★★「1981年の初版は定番の系統体系学教科書だった．この改訂版では最節約法だけでなく距離法・最尤法・ベイズ法まで含まれる」

  2. 分子系統学（および統計系統学と計算系統学）

    • L. Lacey Knowles and Laura S. Kubatko (eds.)『Estimating Species Trees: Practical and Theoretical Aspects』（2010年9月刊行，Wiley-Blackwell, Hoboken, xii+215 pp., ISBN:9780470526859 [hbk] → 目次｜版元ページ）★★★★「Gene-tree から species-tree を推論するための理論と方法論そしてアルゴリズムに関する論文集」
    • Joseph Felsenstein『Inferring Phylogenies』（2004年刊行，Sinauer Associates，Sunderland, xx+664 pp., ISBN:0878931775 [pbk] → 目次）★★★「分子データに基づく統計系統学の全体を知るにはまず本書を踏破しましょう」
    • Masatosgi Nei and S. Kumar 『Molecular Evolution and Phylogenetics』 2000年刊行，Oxford University Press, New York［根井正利，S・クマー（大田竜也・竹崎直子訳） 2006. 『分子進化と分子系統学』，培風館，東京，xii+410 pp.］★★★「これも分子系統学の定番教科書」
    • Michael S. Rosenberg (ed.)『Sequence Alignment: Methods, Models, Concepts, and Strategies』（2009年刊行，University of California Press, Berkeley, xvi+337 pp., ISBN:9780520256972 → 版元ページ）★★★★「配列アラインメント論文集」
    • David J. Russell (ed.) 『Multiple Sequence Alignment Methods』（2014年刊行, Springer / Humana Press [Methods in Molecular Biology: 1079], New York, xii+287 pp., ISBN:9781627036450 [hbk] → 目次｜版元ページ）★★★★「これまた配列アラインメントの論文集」
    • Naruya Saitou『Introduction to Evolutionary Genomics』（2013年刊行, Springer Verlag [Series: Computational Biology, Vol. 17], Berlin, xxiii+461 pp., ISBN:9781447153030 [hbk] → 版元ページ）★★★「ゲノム進化の教科書．距離法と系統ネットワークがとても詳しい」
    • Ziheng Yang『Molecular Evolution: A Statistical Approach』（2014年5月刊行，Oxford University Press, Oxford, xvi+492 pp., ISBN:9780199602605 [hbk] → 版元ページ）★★★「ベイズ法の説明が超詳しい」
    • Ward C. Wheeler『Systematics: A Course of Lectures』（2012年6月刊行，Wiley-Blackwell, Hoboken, xx+426 pp.+12 color plates, ISBN:9780470671702 [hbk] / ISBN:9780470671696 [pbk] → 目次｜版元ページ）★★★★「最節約法のアルゴリズムをきっちり解説している」

  3. 系統推定ソフトウェアの解説書

    • Barry G. Hall『Phylogenetic Trees Made Easy: A How-To Manual, Fourth Edition』（2011年5月刊行，Sinauer Associates, Sunderland, xiv+282 pp., ISBN:9780878936069 → 目次｜版元ページ｜コンパニオンサイト）★「MEGAとMrBayesを使った分子系統推定のハンズオン教科書．そろそろ改訂版が出ないかな」
    • Alexei J. Drummond and Remco R. Bouckaert『Bayesian Evolutionary Analysis with BEAST』（2015年8月刊行，Cambridge University Press, Cambridge, xii+249 pp., ISBN:9781107019652 [hbk] → 目次｜版元ページ）★★★「ベイズ系統推定のためのBEASTのマニュアル本」
    • Philippe Lemey, Marco Salemi, Anne-Mieke Vandamme (eds.)『The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, 2nd Edition』（2009年3月刊行，Cambridge University Press, Cambridge, xxvi+723 pp., ISBN:9780521877107 [hbk] / ISBN:9780521730716 [pbk]）★★「さまざまな分子系統推定ソフトウェアの一覧本」
    • Emmanuel Paradis『Analysis of Phylogenetics and Evolution with R, Second Edition』（2012年刊行，Springer Science+Business Media［Series: Use R!］, New York, xiv+386 pp., ISBN:9781461417422 [pbk] → 版元ページ）★★「Rの分子系統推定パッケージapeの説明書．改訂版は初版のほぼ2倍の厚さ」
    • Ward Wheeler, L. Aagesen, C. P. Arango, J. Faivovich, T. Grant, C. D'Haese, D. Janies, W. L. Smith, A. Varon and G. Giribet『Dynamic Homology and Phylogenetic Systematics : A Unified Approach Using POY』（2006年12月1日刊行，American Museum of Natural History, New York， ISBN:0913424587）★★★「動的最適化アルゴリズムを使ったPOYの説明書」

  4. 数理系統学（離散数学，系統ネットワーク，スーパーツリーなど）

  5. 体系学の科学哲学（科学方法論・歴史科学性・アブダクションなど）

    • Marc Ereshefsky『The Poverty of the Linnaean Hierarchy: A Philosophical Study of Biological Taxonomy』（2001年，Cambridge University Press, Cambridge, x+316 pp., ISBN:0521781701）★★「生物分類学の科学史．リンネ階層分類に引導を渡した本」
    • Kirk J. Fitzhugh 2006. The abduction of phylogenetic hypotheses. Zootaxa, 1145: 1-110. ★★★「系統推定のアブダクションについて論じる」
    • 三中信宏『系統樹思考の世界：すべてはツリーとともに』（2006年7月20日第1刷刊行，講談社［現代新書1849］， ISBN:4061498495（ISBN:9784061498495） → 版元ページ｜詳細目次｜コンパニオンサイト）★「系統樹思考の本」
    • 三中信宏『進化思考の世界：ヒトは森羅万象をどう体系化するか』余響（20）体価格1,100円， ISBN:9784140911648 → コンパニオンサイト｜版元ページ）★「進化思考の本」
    • Nelson Papavero and Jorge Llorente Bousquets『Principia Taxonomica: Una Introducción a los Fundamentos Lógicos, Filosóficos y Metodológicos de las Escuelas de Taxonomía Biológica (Volumen I - IX)』（2008年刊行，Universidad Nacional Autónoma de México，Ciudad Universitaria，ISBN:97860720000667 [CD-ROM]）★〜★★★「生物分類学の論理と歴史」
    • Richard Richards『Biological Classification: A Philosophical Introduction』（2016年9月刊行，Cambridge University Press［Series: Cambridge Introductions to Philosophy and Biology］, Cambridge, x+302 pp., ISBN:9781107065376 [hbk] / ISBN:9781107687844 [pbk]）★★「生物分類の科学哲学」
    • Elliott Sober『Reconstructing the Past: Parsimony, Evolution, and Inference』（1988年刊行, The MIT Press, Cambridge, xviii+265pp.）［エリオット・ソーバー（三中信宏訳）『過去を復元する：最節約原理・進化論・推論』2010，勁草書房，東京, 336 pp. → コンパニオンサイト］★★〜★★★「最節約法の科学哲学と統計学との関係．後半はやや手強い．」
    • Elliott Sober『Philosophy of Biology, Second Edition』（2000年刊行, Westview Press［Dimensions of Philosophy Series］, Boulder, xviii+236pp., ISBN:0813391261）［エリオット・ソーバー（松本俊吉・網谷祐一・森元良太訳）『進化論の射程：生物学の哲学入門』2009，春秋社，東京］★★「生物学哲学の教科書．体系学に関する章あり」
    • Elliott Sober『Evidence and Evolution: The Logic Behind the Science』（2008年4月21日刊行，Cambridge University Press，Cambridge，xx + 392 pp.，ISBN:9780521871884 [hbk] / ISBN:9780521692748 [pbk] → 著者サイト｜正誤表[pdf]）［部分訳：エリオット・ソーバー（松王政浩訳）『科学と証拠：統計の哲学入門』2012，名古屋大学出版会，名古屋］★★★〜★★★★「翻訳されていない章には生物体系学と系統推定論に関して論議されている」
    • Aviezer Tucker『Our Knowledge of the Past: A Philosophy of Historiography』（2004年刊行，Cambridge University Press, Cambridge, x+291 pp., ISBN:0521834155 → 詳細目次｜版元ページ）★★「過去を復元する歴史叙述科学の一般論．生物の系統推定も含まれる」
    • David M. Williams and Malte C. Ebach『Foundations of Systematics and Biogeography』（2008年1月刊行，Springer-Verlag, Berlin, xviii+309pp., ISBN:9780387727288 → 目次｜版元ページ｜コンパニオン・ブログ）★★★「パターン分岐学の教科書」

  6. 応用体系学（生物分類・生物地理・種間比較・共進化解析など）

  7. 生物以外の体系学（言語・写本・文化・考古など）

    • Heiner Fangerau, Hans Geisler, Thorsten Halling and William Martin (Hrsg.)『Classification and Evolution in Biology, Linguistics and the History of Science: Concepts – Methods – Visualization』（2013年11月刊行，Franz Steiner Verlag［Kulturanamnesen: Band 5］, Stuttgart, 198 pp., ISBN:9783515104609 [pbk] / ISBN:9783515105897 [E-Book] → 目次｜版元ページ | E-Book pdf [open access]）★★「生物学・言語学・科学史への系統学的アプローチ」
    • Peter Forster and Colin Renfrew (eds.)『Phylogenetic Methods and the Prehistory of Languages』（2006年刊行，The McDonald Institute for Archaeological Research［McDonald Institute Monographs］, London, x+198 pp., ISBN:1902937333 → 目次）★★★「歴史言語学と系統学の方法論」
    • Carl P. Lipo, Michael J. O'Brien, Mark Collard, and Stephen J. Shennan (eds.)『Mapping Our Ancestors: Phylogenetic Approaches in Anthropology and Prehistory』（2005年12月刊行， Transaction Publishers, New Brunswick, xviii+353 pp., ISBN:0202307506 [hbk] / ISBN:0202307514 [pbk] → 目次）★★「文化系統学の論文集」
    • Ruth Mace, Clare J. Holden, and Stephen Shennan (eds.)『The Evolution of Cultural Diversity: A Phylogenetic Approach』（2005年，UCL Press, London, x+291 pp., ISBN:1844720659 → 目次）★★「これも文化系統学の論文集」
    • Alex Mesoudi『Cultural Evolution: How Darwinian Theory Can Explain Human Culture and Synthesize the Social Sciences』（2011年9月刊行，The University of Chicago Press, Chicago, xvi+264 pp., ISBN:9780226520438 [hbk] / ISBN:9780226520445 [pbk] → 版元ページ | 著者サイト）［アレックス・メスーディ（野中香方子訳｜竹澤正哲解説）2016. 『文化進化論：ダーウィン進化論は文化を説明できるか』NTT 出版，東京, viii+404 pp. → 目次］★「文化進化と文化系統の教科書」
    • 中尾央・三中信宏（編著）『文化系統学への招待：文化の進化パターンを探る』（2012年5月25日刊行，勁草書房, 東京, x+213+xi pp., 本体価格3,200円［税込価格3,360円］， ISBN:9784326102167 → 目次｜版元ページ｜コンパニオン・サイト）★★「文化系統学の日本語論文集．そろそろ次のワルダクミを」
    • Charles L. Nunn『The Comparative Approach in Evolutionary Anthropology and Biology』（2011年11月刊行，The University of Chicago Press, Chicago, x+380 pp., ISBN:9780226608983 [hbk] / ISBN:9780226608009 [ebook] → 目次｜版元ページ）★「文化進化論の系統学的方法の教科書」

  8. 生物体系学の形而上学（「種」問題とか「種」問題とか「種」問題とか）

  9. 分類学と系統学の科学史

    • Andrew Hamilton (ed.)『The Evolution of Phylogenetic Systematics』（2014年刊行，University of California Press［Series: Species and Systematics, Volume 5］, Berkeley, viii+309pp., ISBN:9780520276581 [hbk] → 目次｜版元ページ）★★「系統体系学の歴史」
    • Christine Hine『Systematics as Cyberscience: Computers, Change, and Continuity in Science』（2008年3月刊行，The MIT Press［Series: Inside Technology］，320 pp.，ISBN:9780262083713 [hbk] → 目次｜版元ページ）★★「サイバーサイエンスとしての生物分類学の新展開」
    • David L. Hull『Science as a Process: An Evolutionary Account of the Social and Conceptual Development of Science』（1988年，The University of Chicago Press, Chicago, xiv+586 pp.，ISBN:0226360504 [hardcover] / ISBN:0226360512 [paperback]）★★「生物体系学と進化生物学の半世紀史」
    • Nelson Papavero and Jorge Llorente Bousquets『Historia de la Biología Comparada, con Especial Referencia a la Biogeografía: del Génesis al Siglo de las Luces (Volumen I - VIII)』（2007年刊行，Universidad Nacional Autónoma de México，Ciudad Universitaria，ISBN:9789703242672 [CD-ROM]）★「比較生物学史」
    • И. Я. Павлинов, Г. Ю. Любарский『Биологическая систематика. Эволюция идей』（2011年刊行，Сборник Трудов Зоологического музея МГУ, т.51, 667 pp. + 1 color plate, Товарищество книжных изданий КМК, Москва, ISBN:9785873176854 → 目次 pdf）★★「生物体系学と進化概念についての歴史叙述」
    • Michael Schmitt『From Taxonomy to Phylogenetics: Life and Work of Willi Hennig』（2013年4月刊行，Brill, Leiden, xvi+208 pp., ISBN:9789004219281 [hbk] → 目次｜版元ページ）★★「Willi Hennig の伝記」
    • David M. Williams, Michael Schmitt, and Quentin D. Wheeler (eds.) 『The Future of Phylogenetic Systematics: The Legacy of Willi Hennig』（2016年6月刊行, Cambridge University Press［The Systematics Association Special Volume Series: 86］, Cambridge, xvi+488 pp., ISBN:9781107117648 [hbk] → 目次｜版元ページ ）★〜★★★★「Willi Hennig 生誕百周年記念シンポジウム論文集」
    • Carol Kaesuk Yoon『Naming Nature: The Clash between Instinct and Science』（2009年刊行，W. W. Norton, New York, viii+344 pp., ISBN:9780393061970 [hbk] / ISBN:9780393338713 [pbk] → 目次｜著者サイト）［キャロル・キサク・ヨーン（三中信宏・野中香方子訳）『自然を名づける：なぜ生物分類では直感と科学が衝突するのか』2013年9月3日第1刷刊行，NTT出版，東京，vi+391 pp., ISBN:9784757160569 → コンパニオンサイト｜目次｜版元ページ］★「生物体系学の歴史を分類と系統の対立史として描く」

  10. 分類学と系統学の図像史

クリエイティブ・コモンズ・ライセンス