Volker Knoop and Kai Müller
（2006年5月刊行，Spektrum Akademischer Verlag， ISBN:3827416426｜ ISBN:9783827416421）
目次構成をざっと見るかぎり，「いかにもドイツっ！」という雰囲気は薄いようだ．距離法・最節約法・最尤法・ベイズ法まで一通り説明して，手法の比較検討へと進むという定石通りのコース設定になっている．
→版元ページ．
【目次】1 Die Molekularen Grundlagen des Lebens
1.1 Gene und Genome, Nukleotide und DNA
1.2 Der genetische Code
1.3 Die Proteinbiosynthese
1.4 Genome in Kern, Mitochondrien und Chloroplasten
1.5 Molekulare Besonderheiten
1.6 Aus der Werkzeugkiste der Molekulargenetik
1.7 Leseempfehlungen2 Evolution, Taxonomie und Phylogenie
2.1 Evolution
2.2 Taxonomie
2.3 Phylogenetik
2.4 Molekulare Phylogenetik
2.5 Vom Alignment zum Stammbaum
2.6 Leseempfehlungen3 Datenbanken, Molekulare Sequenzen, Programme
3.1 Die öffentlichen Datenbanken für molekulare Sequenzdaten
3.2 Suchstrategien in Datenbanken
3.3 Sequenzverwaltung und Alignments
3.4 Integrierte Programmpakete für die phylogenetische Analyse (MEGA, PAUP*, PHYLIP)
3.5 Speziellere Anwendungen in phylogenetischen Analysen
3.6 Graphische Baumdarstellungen
3.7 Anwendungen im WWW
3.8 Leseempfehlungen4 Ein schneller Weg zum Stammbaum
4.1 Die wichtigen Software-Pakete im Vergleich
4.2 Leichter Einstieg mit MEGA
4.3 Arbeiten mit PAUP*
4.4 Leseempfehlungen5 Parsimonieanalyse
5.1 Das Parsimonieprinzip
5.2 Gar nicht sparsam: Noch mehr über Parsimonie
5.3 Auf Baumsuche
5.4 Merkmalstypen: Dollo, Fitch und Wagner
5.5 Die Messung von Homoplasie
5.6 Size matters: Besondere Ansätze für Riesendatensätze
5.7 Erweiterte Kenntnisse in PAUP nachvollziehen
5.8 Leseempfehlungen6 Distanzverfahren
6.1 Die Notwendigkeit von Korrekturannahmen
6.2 Die verschiedenen Typen von Substitutionen
6.3 Das Messen von genetischen Distanzen
6.4 Vergleich der Substitutionsmodelle
6.5 Bäume aus Distanzen I: Suchverfahren
6.6 Bäume aus Distanzen II: Clustering-Methoden
6.7 Geringe Distanz zur Praxis: Distanzen in PAUP
6.8 Leseempfehlungen7 Maximum Likelihood
7.1 Wahrscheinlichkeit
7.2 Berechnung der Wahrscheinlichkeit für einen gegebenen Baum
7.3 Alte Bekannte: Substitutionsmodelle
7.4 Buchen sollst Du suchen: Welcher ist der wahrscheinlichste Baum?
7.5 ML und Batch Files in PAUP
7.6 Quartette, Puzzle, und Mensch-ärgere-dich-nicht
7.7 Leseempfehlungen8 Bayesianische Statistik
8.1 Frisch ans Werk - die Verwendung von MrBayes
8.2 Bayesianische Statistik - wer's genauer wissen will
8.3 Leseempfehlungen9 Evaluation von Stammbäumen und Vergleich der Methoden
9.1 Typische Probleme, Stärken und Schwächen der Methoden
9.2 Evaluation von Stammbäumen
9.3 Leseempfehlungen10 Probleme, Grenzfälle und neuere Konzepte
10.1 Rates und Dates: Molekulare Uhren und Datierung
10.2 Relative Rate Tests
10.3 Genfamilien
10.4 Horizontaler Gentransfer
10.5 Konzertierte Evolution
10.6 Weitere methodische Ansätze
10.7 Leseempfehlungen
Literatur
Glossar
Index
