Barry G. Hall
（2011年5月刊行，Sinauer Associates, Sunderland, xiv+282 pp., ISBN:9780878936069 → 版元ページ｜コンパニオンサイト）
この第四版はフルカラーになったのか．使用されるソフトウェアは：MEGA 5 / MrBayes / FigTree / Codeml / GUIDANCE / Splitstree & Dendroscope etc. と書かれている．コンパニオンサイトからは，本書で用いられているファイル類をダウンロードできる．玉川大学の高座の内容とほとんど重なっているので，参考書として重宝できそう．
【目次】
Acknowledgments vii
1. Read Me First 1
2. Tutorial: Estimate a Tree 11
3. Acquiring the Sequences 29
4. Aligning the Sequences 47
5. Major Methods for Estimating Phylogenetic Trees 61
6. Neighbor-Joining Trees 69
7. Drawing Phylogenetic Trees 91
8. Parsimony 111
9. Maximum Likelihood 123
10. Bayesian Inference of Trees with MrBayes 139
11. Working with Various Computer Platforms 161
12. Advanced Alignment with GUIDANCE 177
13. Reconstructing Ancestral Sequences 191
14. Detecting Adaptive Evolution 203
15. Phylogenetic Networks 219
16. Some Final Advice: Learn to Program 249
Appendix I. File Formats and Their Interconversion 251
Appendix II. Additional Programs 259
Appendix III. Frequently Asked Questions 263
Literature Cited 267
Index to Majot Program Discussion 269
Subject Index 275
