『Phylogenetic Trees Made Easy: A How-To Manual, Fifth Edition』

[目]『Phylogenetic Trees Made Easy: A How-To Manual, Fifth Edition』

Barry G. Hall
（2018年刊行，Oxford University Press, Oxford, xvi+352 pp., ISBN:9781605357102 [pbk] →版元ページ｜コンパニオンサイト）

2011年に出た第4版から実に7年ぶりの改訂．版元の Sinauer Associates がいつの間にか Oxford University Press に吸収合併されていた．マジかー．ぜんぜん知らんかったー． そんなわけで，この有名な教科書の最新版を今になって知ったという顛末．NJ / MP / ML は MEGA 7 で，Bayes法は BEAST が使われている．増補章として系統ネットワーク，最小展開樹，TimeTree，phylogenomics が新設された．総ページ数は70ページあまり増えている．本書のコンパニオンサイトからは MEGA X 対応パッチとともに，各種データファイル等がダウンロードできる（Win / Mac/ Linux 別）．

【目次】
Acknowledgments vii

　

Chapter 1 Read Me First! 1
Chapter 2 Tutorial: Estimate a Tree 11
Chapter 3 Acquiring the Sequences 33
Chapter 4 Aligning the Sequences 53
Chapter 5 Major Methods for Estimating Phylogenetic Trees 71
Chapter 6 Neighbor Joining Trees 77
Chapter 7 Drawing Phylogenetic Tress 101
Chapter 8 Parsimony 121
Chapter 9 Maximum Likelihood 141
Chapter 10 Bayesian Inference of Trees Using BEAST 151
Chapter 11 Which Method Should You Use? 175
Chapter 12 Working With Various Computer Platforms 183
Chapter 13 Phylogenetic Networks 191
Chapter 14 Minimum Spanning Trees 215
Chapter 15 Time Trees 231
Chapter 16 Reconstructing Ancestral Sequences 245
Chapter 17 Detecting Adaptive Evolution 259
Chapter 18 Estimating Phylogenetic Trees from Whole Genome Sequences 281
Chapter 19 Some Final Advice: Learn to Program 297

　

Appendix I File Formats and Their Interconversion 299
Appendix II Text Editors 307
Appendix III The Command-line Environment 311
Appendix IV Installing and Running Command-line Programs 323
Appendix V Additional Programs 331
Appendix VI Frequently Asked Questions 335

　

Literature Cited 339
Index to Major Program Discussions 341
Subject Index 345