『Computational Molecular Evolution』

Ziheng Yang

(2006年12月刊行,Oxford University Press[Oxford Series in Ecology and Evolution], ISBN:0198566999 [hbk] / ISBN:0198567022 [pbk] →目次



ベイズ系統推定の部分(Chapter 5).系統推定問題で“べいづ”したいという動機づけと長所・短所を率直に述べていると感じた.著者は,ベイズ推定された系統樹は,前提とするモデルが当てはまるかぎり「正確(correct)」な結論であると繰り返し書いている.しかし,樹形あるいはクレードのベイズ的な意味での「正確さ」が事前分布に関する仮定に依存していること,そして事前分布をどのように設定するかによって結論が(場合によっては決定的に)左右される可能性があること(〈Lindley's paradox〉: 157)という問題点に関しては,著者自身が「openである」と認めている(MCMCは免罪符ではない).