三中信宏
（1997年12月15日第一刷刊行／1999年10月15日第二刷刊行（正誤表）／2004年9月15日第三刷刊行， 東京大学出版会［ナチュラル・ヒストリー・シリーズ］， 東京， xiv+458 pp.， 本体価格5,600円， ISBN:4130601725 → コンパニオンサイト｜版元ページ）
ぼくにとっての最初の単著だが，今でも参照されているようなので，小見出しまで含めて目次の詳細情報を公開した．参考になれば幸いです：
【目次】
プロローグ：進化生物学に生い茂る系統樹 i
第１章：なぜ系統を復元しなければならないか？ 1
１−１節：歴史を推定すること 1
１−１−１：歴史の中心主体は誰か？ 1
１−１−２：歴史叙述と年代記推定 5
１−１−３：歴史学 - 唯一性と蓋然性の科学 8
１−２節：永遠の分類、久遠の体系 10
１−２−１：体系化の呪縛、あるいは分類の泥沼 10
１−２−２：存在の大いなる連鎖 - 体系・分類・"方法" 13
１−２−３：ダーウィンは頭上を駆け抜けていった - 分類学は永遠に 15
１−３節：系統樹思考と分類思考 19
１−３−１：系統推定と分類認知との峻別 19
１−３−２：分類は表現手段にすぎない 21
１−３−３：「醜い家鴨の仔」の狼藉 23
１−３−４：ヒトの認知は論拠とはいえない 26
１−４節：分類思考の認知的基盤 30
１−４−１：分類学的直感とは何か？ 30
１−４−２：認知科学としての分類学 32
１−４−３：結末 − 偽りの蜜月の終焉 34
第２章：系統とは何か？ 38
２−１節：進化史が物語るもの 38
２−１−１：進化生物学における歴史の復権 38
２−１−２：生物は記録媒体である 41
２−１−３：由来関係の構造：分岐図と系統樹 43
２−１−４：未知なる系統パラメーター 46
２−２節：関係の構造、関係の代数 49
２−３節：萌え出づる：関係図としての樹形図 53
２−３−１：分岐図を定義する 54
２−３−２：系統樹を定義する 55
付録 − 私家版『順序づくし』 59
インテルメッツオ：「アルボス」あるいは樹の詩 64
１．理論分類学のたわめられた現代史 - Woodger，Gregg，民俗分類学 66
２．自然類と本質：わが内なる分類思考を見つめて 71
３．乖離と分岐：別々の世界への旅立ち 75
第３章：分岐学：その起源と発展 81
３−１節：系統の大いなる分岐 - 前史，すなわち言語，写本，古因学 81
３−１−１：分類科学と古因学：William Whewellの学問分類 81
３−１−２：変わりゆく言語、揺れ動く本文：分岐学の祖系をたどる 87
３−２節：日はまだ昇らず：たそがれる世紀末体系学 91
３−３節：Willi Hennig と分岐学の黎明期（1931〜1966） 99
３−３−１：失われた聖櫃：Hennig初期理論を読む（1931-1950） 100
３−３−２：公約と実行：漸進進化するHennig理論（1950-1966） 106
３−３−３：濫觴へのまなざし：「ロシア草稿」再発見の密やかな波紋 116
３−３−４：夜明け前の点景：異国へのルーツ探しの旅 118
３−４節：空間・時間・系統−歴史生物地理学への道 123
３−４−１：分断される「分断」：その概念史的エピソード 124
３−４−２：前進する派生的子孫：Hennig-Brundinの系統生物地理学 126
３−４−３：反復する一般分布圏：Croizat-Crawの汎生物地理学 129
３−４−４：からみあう種分岐図：Nelson-Platnickの分断生物地理学 137
３−５節：軋轢と葛藤：体系学大論争の時代（1966〜1980） 143
３−５−１：第１幕−体系論争：分類学３学派の出現 144
３−５−２：長引く消耗戦、そしてフェイドアウト 151
３−５−３：Hennigを越えて：プロセス理論からの訣別 157
３−５−３−１：分類と体系：Darwinへの回帰 157
３−５−３−２：ファジーな樹形図の森で迷う 159
３−５−３−３：呪文からの解放 162
３−６節：聖書解釈と異端粛清−発展分岐学への変容と再編 164
３−６−１：第２幕−パターンvsプロセス論争：発展分岐学をめぐって 165
３−６−１−１：Gareth Nelsonと比較生物学：乾いた樹形図の楽園 167
３−６−１−２：グラフ，ネットワーク，半順序−系統シュタイナー問題の出現 175
３−６−１−３：たんなるアップデート：Hennig論証方針から大域的最節約法へ 179
３−６−２：分岐学派のクレード進化−"パターン分岐学"なる藁人形 187
３−６−３：公約の実現に向けて：プロセス理論への回帰−第３幕への序曲 192
第４章：分岐学に基づく系統推定：最節約原理をどのように用いるか？ 197
４−１節：系統樹への遠い道のり 197
４−１−１：樹形グラフに関するいくつかの用語 198
４−１−２：データのタイプ：形質状態／距離、離散／連続、順序／無順序 200
４−１−３：形質状態、距離、保持される情報 202
４−２節：涙なしの最節約−ある対話 207
４−２−１：【オッカム迷宮：ゾーン１】−シュタイナーの呪文 207
４−２−２：【オッカム迷宮：ゾーン２】−往路の虎、復路の狼 211
４−２−３：【オッカム迷宮：ゾーン３】−メトリック・シティー横断 213
４−２−４：【オッカム迷宮：ゾーン４】−魔窟「ＮＰノ果テ」への潜入 216
４−２−５：【オッカム迷宮：最終ゾーン】−剃刀の浄められた系譜 218
４−３節：仮想祖先はどんな形質状態を持っていたのか？ 222
４−３−１：中央値原理：仮想祖先を最節約復元する 223
４−３−２：最節約復元された形質状態の性質 227
４−３−３：なぜ最節約復元するのか？ 233
４−４節：最節約分岐図はどれか？ 238
４−４−１：シュタイナーの遺産：最小全長を持つ分岐図の探索 238
４−４−２：ホモプラシー度：形質データと分岐図との一致性を測る 245
４−４−３：複雑性の山に分け入る 253
４−５節：その分岐図はどれくらい信用していいのか？ 256
４−５−１：コンピューター集約型統計学による誤差評価 257
４−５−４−１：ブーツストラップ法 258
４−５−４−２：ジャックナイフ法 260
４−５−４−３：生態・行動学研究への適用 262
４−５−２：推定量としての分岐図：ブーツストラップによる再現性評価 262
４−５−３：歪む樹長分布：分岐図空間の島嶼地理学 271
４−５−４：無作為ならべかえによるデータの質の検証 279
４−６節：最節約法の名のもとに：分子分岐学の出現 281
４−６−１：最尤法と距離法：分子系統学での競争者たち 281
４−６−２：最節約法は真実を導くか？−一般化最節約法を目指して 284
４−６−３：形質進化モデルの組込み：レッドゾーンからの脱出 289
４−７節：系統はツリーではない：分岐図からネットワークへの滑らかな進化 295
４−７−１：どうして樹にこだわるの？−認知様式としてのツリー 296
４−７−２：樹の集合としての網状図：高次元ネットワークの試み 304
４−７−２−１：分岐図の加法と乗法−ボトムアップ網状化 305
４−７−２−２：超立方体の開封と展開−トップダウン網状化 310
４−７−３：リゾームに明日はない：ネットワーク思考へのさらなる道のり 323
４−７−３−１：進化モデルとしてのグラフ−樹と半束 324
４−７−３−２：ねじれるネットワーク：半束上の最節約復元 327
第５章：系統が語ることば：分子から形態へ、遺伝子から生物地理へ 330
５−１節：種間比較法：形質進化仮説の系統学的検証 330
５−１−１：Felsensteinの園：進化史的視点への回帰 331
５−１−１−１：桎梏−系統的制約の問題 332
５−１−１−２：懊悩−統計的独立の問題 334
５−１−１−３：結界−比較法の放散進化 336
５−１−２：形質進化モデルの系統学的検証 339
５−１−２−１：形質相関進化−Maddison(1990)の集中変化検定 339
５−１−２−２：親亀こけたら皆こけた−最節約復元の影響 343
５−１−３：溺れる者は分類をもつかむ？−災厄としての分類体系 348
５−２節：中心主体の階層化：１階分岐図と２階分岐図 349
５−２−１：居住地と居住者：一般的な問題状況 350
５−２−２：種分岐図から地域分岐図へ（１）：解くべき問題 352
５−２−３：種分岐図から地域分岐図へ（２）：解析方法 357
５−３節：系統分類体系：系統関係の射影としての分類体系 364
５−３−１：単系統・側系統・多系統 364
５−３−２：グレードからのお誘い 374
５−３−３：注釈付きリンネ階層：拘束衣を着た系統樹思考者 375
５−３−４："系統分類学"：拘束衣を脱いだ系統樹思考者 378
５−３−５：なぜ単系統でなければならないか？ 380
５−４節：「かたち」の蠱惑、形態学の憂鬱 381
５−４−１：形態データはもういらないのか 384
５−４−２：分岐図の上のD'Arcy Thompson：形態測定学と系統解析の対話 385
５−４−２−１：空転の年月−測るべきか測らざるべきか 385
５−４−２−２：標識点データからのサイズ／シェイプ因子 389
５−４−２−３：形状差異の局所解析−薄板スプライン解析序説 392
５−４−３：結合派 vs 分割派−論争はなお続く 397
エピローグ：分岐学の現代的チューンナップ、そしてクリオへの賛辞 401
付録：インターネット資源の利用 409
参考文献 411
索引 451
